Несмотря на ряд достоинств, стандарт PMBOK 2004 обладает и некоторыми недостатками.
Стандарт не делает различия между «простыми» и «сложными» проектами, в силу чего управление простыми проектами в соответствии со стандартом PMBOK 2004 оказывается слишком сложным и дорогим по отношению к выгодам организации от выполнения проекта.
Стандарт PMBOK 2004 очень поверхностно описывает понятия «программа проектов» и «портфель проектов» и, как следствие, не описывает документы типа «политика», обеспечивающие совместимость проектных решений в рамках программы.
В применяемой «СетьПроектом» методике управления проектами эти недостатки устранены.